受注データの備考などにお客様が入力した文章にShift_JISで表現できない文字や記号がまざっていると、受注CSVをダウンロードしたときにその受注データがそっくり欠落してしまいます。

これはCSVデータをShift_JISに変換するときのiconvのパラメータがデフォルトの「不正な文字があったらデータを捨てる」指定になっているからです。
受注データが抜け落ちてしまっては、発見が遅れて実務上のトラブルになりかねないので、変換できない文字があっても近似文字に置き換えて出力するTRANSLIT指定をつけた方が良いと思います。

SC_Helper_CSV.php の
function fopen_for_output_csv のiconv指定を変更

-        stream_filter_append($fp, 'convert.iconv.utf-8/cp932');
+        stream_filter_append($fp, 'convert.iconv.utf-8/cp932//TRANSLIT');